A suposição é que as causas das dificuldades de aprendizagem tenham bases biológicas, mas é o ambiente que fará com que essas dificuldades aumentem ou diminuam. Os fatores biológicos que contribuem para a ocorrência de uma dificuldade de aprendizagem podem ser divididos em quatro categorias:
- Lesão Cerebral – nem sempre uma lesão cerebral é a base para que a criança tenha uma dificuldade de aprendizagem, mas algumas dificuldades podem surgir de uma lesão cerebral;
- Alterações Desenvolvimentais – durante a gestação o sistema nervoso do novo indivíduo vai se desenvolvendo em etapas e esse desenvolvimento continua após o seu nascimento. Esse desenvolvimento é o que faz capaz de realizar tarefas que conforme o individuo vai crescendo se tornam mais complexas. Quando alguma etapa desse desenvolvimento é alterada, isso pode gerar uma dificuldade de aprendizagem.
- Desequilíbrio Químicos– os neurotransmissores fazem a comunicação entre as células cerebrais. Qualquer alteração química pode fazer com que essa comunicação falhe. Esses desequilíbrios podem contribuir para alguns transtornos de aprendizagem, principalmente os que envolvem atenção, como o transtorno de déficit de atenção/hiperatividade e hipoatividade.
- Hereditariedade – a hereditariedade também determina o desenvolvimento de dificuldade de aprendizagem. Segundo Smith e Strick (2001, p. 15), as dificuldades de aprendizagem levam as crianças a ter um comportamento que complicam mais essas dificuldades na escola, sendo eles: hiperatividade, fraco alcance de atenção, dificuldade para seguir instruções, imaturidade social, dificuldade com a conversação, inflexibilidade, fraco planejamento e habilidades organizacionais, distração, falta de destreza, falta de controle de impulsos. Esse comportamento se dá nas mesmas condições neurológicas das dificuldades de aprendizagem.